Facturation électronique
Ce qui va changer pour les professionnels de santé libéraux à partir de 2026
À partir de 2026, la facturation électronique deviendra progressivement obligatoire pour l’ensemble des entreprises françaises. Cette réforme, pilotée par l’administration fiscale, vise à moderniser les échanges, renforcer la traçabilité des flux et lutter contre la fraude à la TVA.
Les professionnels de santé libéraux sont directement concernés par cette évolution, même lorsqu’ils exercent une activité exonérée de TVA. Comprendre les nouvelles obligations et anticiper leur mise en œuvre est essentiel pour éviter les blocages administratifs et sécuriser son organisation comptable.
Facturation électronique : de quoi parle-t-on exactement ?
La facturation électronique ne se limite pas à l’envoi d’un PDF par e-mail. Il s’agit d’un processus encadré par la réglementation fiscale, reposant sur trois piliers :
l’émission de factures sous format électronique normé,
la transmission des factures via une plateforme agréée,
l’archivage sécurisé des données, avec transmission automatique de certaines informations à l’administration.
Les factures devront être produites dans des formats structurés reconnus par l’administration, permettant leur lecture à la fois par un humain et par des systèmes informatiques.
Pourquoi les professionnels de santé sont concernés, même sans TVA ?
La réforme cible toutes les entreprises établies en France. Le critère déterminant n’est pas l’assujettissement à la TVA, mais l’existence d’une activité professionnelle organisée.
Les professionnels de santé libéraux, bien que majoritairement exonérés de TVA sur leurs actes médicaux et paramédicaux, sont concernés à deux niveaux :
l’obligation de recevoir des factures électroniques émises par leurs fournisseurs (laboratoires, prestataires, bailleurs, fournisseurs de matériel, etc.) ;
l’obligation d’émettre des factures électroniques pour les opérations soumises à TVA (activités annexes, prestations non exonérées, refacturations, etc.).
La facturation électronique vient donc compléter les dispositifs existants (télétransmission SESAM-Vitale, feuilles de soins), sans les remplacer.
Le calendrier officiel de mise en œuvre
La réforme sera déployée de manière progressive afin de laisser le temps aux entreprises de s’adapter.
À partir du 1er septembre 2026 :
obligation de réception des factures électroniques pour toutes les entreprises, y compris les professionnels de santé libéraux ;
obligation d’émission pour les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire.
À partir du 1er septembre 2027 :
obligation d’émission des factures électroniques pour les TPE, PME et micro-entreprises, dont la majorité des professionnels de santé.
Anticiper dès 2025-2026 est fortement recommandé pour éviter une mise en conformité dans l’urgence.
Quels formats de factures électroniques seront acceptés ?
Les factures devront être établies dans l’un des formats structurés reconnus par l’administration fiscale, notamment :
Factur-X : format hybride combinant un PDF lisible et des données structurées intégrées,
UBL (Universal Business Language),
CII (Cross Industry Invoice).
Un simple PDF envoyé par e-mail ne sera pas considéré comme une facture électronique conforme au sens de la réforme.
Le rôle clé des plateformes agréées
La transmission des factures électroniques ne se fera pas directement entre le professionnel et son client ou fournisseur. Elle passera obligatoirement par une plateforme agréée par l’administration fiscale.
Ces plateformes assurent plusieurs fonctions essentielles :
transmission sécurisée des factures,
contrôle de conformité des formats,
transmission automatique des données de facturation et de paiement à l’administration,
traçabilité et archivage.
Le choix de la plateforme est une étape structurante, car elle conditionne l’ensemble des flux de facturation et leur intégration comptable.
Facturation électronique et comptabilité : un lien indissociable
La facturation électronique n’a de sens que si elle est correctement connectée à la comptabilité.
Pour les professionnels de santé libéraux, une bonne articulation entre facturation et comptabilité permet :
d’éviter les ressaisies manuelles,
de sécuriser les déclarations fiscales,
de disposer d’une vision plus claire et plus rapide de l’activité.
Une facturation électronique mal paramétrée peut, à l’inverse, générer des incohérences, des retards de déclaration ou des difficultés en cas de contrôle.
Comment se préparer concrètement dès maintenant ?
La transition vers la facturation électronique ne se résume pas à un simple changement d’outil. Elle nécessite une réflexion globale sur l’organisation administrative.
Les étapes clés à anticiper sont les suivantes :
Faire le point sur ses pratiques actuelles
facturation papier ou numérique,
logiciels utilisés,
gestion comptable existante.
Identifier les flux concernés
fournisseurs,
activités soumises ou non à TVA,
opérations annexes.
Choisir une solution conforme et adaptée à son activité
compatibilité avec les obligations fiscales,
interconnexion avec la comptabilité,
simplicité d’utilisation.
Anticiper les paramétrages et les tests
formats de factures,
transmission des données,
archivage.
Se faire accompagner
compréhension des obligations,
sécurisation des choix techniques,
conformité durable.
Une réforme à anticiper pour éviter les risques
Même si l’échéance peut sembler lointaine, la facturation électronique implique des changements profonds dans les habitudes de gestion. Les professionnels de santé qui anticipent bénéficieront d’une transition plus fluide et éviteront les erreurs de mise en conformité.
Au-delà de l’obligation réglementaire, cette réforme peut aussi devenir un levier d’amélioration de la gestion administrative, à condition d’être correctement préparée.
L’accompagnement Santiris Compta
Chez Santiris Compta, nous accompagnons les professionnels de santé libéraux dans l’anticipation et la mise en œuvre de la facturation électronique, en tenant compte des spécificités de leur activité et de leur régime fiscal.
Notre approche vise à :
sécuriser la conformité réglementaire,
simplifier l’organisation administrative,
garantir une comptabilité fiable et cohérente avec les nouveaux flux électroniques.
Anticiper aujourd’hui, c’est se donner les moyens d’aborder sereinement les échéances 2026-2027.
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